Historia bocheńskiej kopalni sięga 1248 roku, kiedy to najprawdopodobniej przypadkowo, podczas pogłębiania studni solankowych, na głębokości 50-60 m po raz pierwszy w Polsce odkryto sól kamienną. Odkrycie soli w Bochni wywołało duże zainteresowanie tymi terenami księcia krakowsko-sandomierskiego Bolesława Wstydliwego. Dzięki jego inwestycjom i pomocy Cystersów powstały pierwsze szyby górnicze kopalni w Bochni: Sutoris i Gazaris. W krótkim czasie Bochnia zyskała wybitnie duże znaczenie dla gospodarki kraju, co znalazło odzwierciedlenie w przywilejach jakie miasto otrzymało w akcie lokacyjnym z 1253 roku.

W pierwszym etapie rozwoju saliny eksploatowano wschodnią, płycej położoną część solnego złoża, które w Bochni położone jest równoleżnikowo. W czasie kiedy bocheńska kopalnia była już dużym, dobrze prosperującym przedsiębiorstwem, odkryto sól w Wieliczce. W następnych latach kopalnie w Bochni i Wieliczce połączono w jedno duże przedsiębiorstwo, pod nazwą „Żupy Krakowskie". Stanowiło ono własność królów Polski i przynosiło w średniowieczu 1/3 dochodów ich skarbca. Stąd zrodziło się przysłowie: "Bez Bochni i Wieliczki nie warta Polska łojowej świeczki". Do XIV wieku więcej soli wydobywano w Bochni później prym objęła wielicka kopalnia. Było to po części związane z budową bocheńskiego złoża które sprawiało że eksploatacja soli bocheńskiej była znacznie trudniejsza niż soli wielickiej.

Stosowano tutaj także pionierskie i unikatowe techniki górnicze, nie tylko dla polskiego górnictwa solnego, ale i w kopalnictwie europejskim. Skomplikowana budowa geologiczna złoża przejawiająca się w niemal pionowym zaleganiu skał solnych, decydowała o tym, że praca w Bochni była wyjątkowo ciężka i niebezpieczna. Dzięki tak nietypowej budowie złoża dzisiaj możemy podziwiać wyjątkowo zróżnicowane i niespotykane kształty komór poeksploatacyjnych i korytarzy dodatkowo wymuszone silnym parciem górotworu.

W czternastym stuleciu w Bochni po raz pierwszy w kopalniach głębinowych zastosowano podziemne połączenie miedzy szybami (w bocheńskiej kopalni na głębokości ok. 70 m). Wprowadzono również zupełnie unikatowe wyrobiska pionowe - tak zwane szybiki wewnątrz kopalniane i piece czyli wyrobiska chodnikowe.

Piękno bocheńskich podziemi badacze i podróżnicy dostrzegli już przed wiekami. Jednym z nich był renesansowy humanista Joachim Wadianus, który uznał, że podróż do "ciemnej bocheńskiej otchłani" wzbudziła w nim przestrach jednak pozwoliła na odkrycie niecodziennego piękna.

Od początku istnienia kopalni aż do XIX wieku stosowano w niej tylko w nieznacznym stopniu zmieniane i udoskonalane techniki eksploatacji. Sól odrywano ręcznie od calizny w postaci sześciennych bloków za pomocą kilofów i klinów. Potem obrabiano ją do form cylindrycznych. Kruchy solne wyciągano do góry w beczkach. Dużym krokiem w rozwoju przedsiębiorstwa było sprowadzenie na dół koni pomagających w transporcie ciężkich brył -przełom XV i XVI wieku.

Bez wątpienia najlepszym okresem w historii kopalni były czasy króla Kazimierza Wielkiego. Dał on mieszkańcom miasta najszersze na skalę kraju przywileje. W pamięci „bochniaków” król ten zapisał się głównie dzięki fundacji szybu Regis, którego budowa pozwoliła na odkrycie obfitych pokładów solnych oraz szpitala dla górników, który był pierwszym na ziemiach polskich szpitalem pracowniczym.

W całym okresie funkcjonowania, kopalnia decydowała o rozwoju miasta i dawała stale zatrudnienie wielu jego mieszkańcom. Nie byli to jedynie górnicy wśród których zdecydowanie najliczniejszą grupę stanowili tragarze odpowiedzialni za przenoszenie i przewożenie soli. Dzięki kopalni w mieście świetnie rozwijały się i funkcjonowały cechy rzemieślnicze. Dużą rolę odgrywali między innymi kowale, bednarze, produkujący liny szybowe powroźnicy oraz odzyskujący sól z kopalnianych solanek karbarze. W pobliżu kopalni powstały liczne miejscowości, takie jak Nowy Wiśnicz czy Uście Solne ze składem solnym tuż przy brzegu Wisły. Utworzyły one większą całość, która dziś nazywamy Ziemią Bocheńską. Funkcjonowanie typowej średniowiecznej wioski górniczej znakomicie ilustruje park archeologiczny przy szybie Campi o nazwie „Osada VI Oraczy”.

W XV wieku wyrobiska kopalni sięgały już głębokości 300 metrów, co wiązało się z koniecznością wydobywania coraz głębszych pokładów soli. Odkrycie dużych pokładów soli w zachodniej części złoża i budowa szybu Campi, który szybko stał się głównym szybem wydobywczym w XVI wieku spowodowały przesunięcie robót górniczych na zachód. W tym czasie sytuacja kopalni zaczęła się jednak stopniowo pogarszać. Działo się tak w głównej mierze wskutek przejęcia saliny przez dzierżawców prywatnych, którzy nie dbali o nią tak dobrze jak wcześniej żupni urzędnicy królewscy. Apogeum kryzysu kopalni nastąpiło podczas Potopu Szwedzkiego.

Zdecydowana poprawa sytuacji ekonomicznej bocheńskiej saliny nastąpiła w czasach Dynastii Saskiej. W połowie XVIII wieku sprowadzono do Bochni świetnego geometrę Jana Gotfryda Borlacha, który podjął się uporządkowania dróg w kopalni. Zgodnie z jego koncepcją korytarze połączono tak, aby tworzyły drogi w liniach zbliżonych do prostej na różnych poziomach. W ten sposób powstały 2 główne szlaki transportowe: podłużnia August na głębokości ok. 200 m i podłużnia Podmoście na głębokości ok. 300 m. Umożliwiło to sprawniejsze i bardziej efektywne pozyskanie soli a przez to pomogło wyprowadzić kopalnię z kryzysu.

Druga połowa XVIII w. to czas zaborów i przejęcie przedsiębiorstwa przez Austriaków. Dla zaborców kopalnia bocheńska miała drugorzędne znaczenie, co wiązało się z zacofaniem kopalni w stosunku do innych kopalń w Europie. Nie zmienia to faktu, że górnictwo w Bochni rozwijało się szybko i przed końcem XIX wieku wprowadzono sporo ulepszeń w technikach wydobycia soli. Polegały one głównie na zastosowaniu dynamitu, maszyn parowych i lin stalowych w szybach. Jednak dopiero po I Wojnie Światowej nastąpiła poprawa sytuacji w bocheńskim zakładzie przemysłowym, niestety tylko na krótki okres czasu.

Na przełomie lat dwudziestych i trzydziestych XX w. wskutek pogarszającej się sytuacji ekonomicznej kraju plany rządowe zakładały likwidację borykającej się z dużymi problemami kopalni. Środowiska naukowe niemal w ostatniej chwili zdołały przekonać rząd iż kopalnia bocheńska może jeszcze przynosić spore zyski. Dzięki temu udało się przedłużyć życie zakładu.

W okresie po II Wojnie Światowej górnicy bocheńscy zajmowali się wtórną eksploatacją komór górniczych tak zwaną metodą "na mokro" oraz sięgali do niższych pokładów soli prowadząc roboty na największej głębokości 470 m. W latach sześćdziesiątych zastosowano w kopalni elektryczność. Wiązało się to z wywiezieniem na powierzchnię pracujących tam do tego czasu koni.

W 1981 roku Wojewódzki Konserwator Zabytków w Tarnowie objął część wyrobisk bocheńskiej kopalni ochroną w celu zachowania jej piękna. 9 lat później zakończono w Bochni wydobywanie soli wskutek likwidacji głównego jej odbiorcy - zakładu przemysłowego Solvay w Krakowie. Jeszcze do końca lat dziewięćdziesiątych XX w. pracę szybu Campi usprawniała najdłużej funkcjonująca wyciągowa maszyna parowa w Polsce.

Podstawę dla adaptacji wyrobisk kopalni soli w Bochni na cele rekreacyjne dała pozytywna ocena Instytutu Balneologii w Poznaniu. Górnicy bocheńscy w ostatnich 20 latach w dużym stopniu przystosowali wyrobiska kopalni do obsługi ruchu turystycznego. W 1995 roku władze kopalni zadecydowały o utworzeniu Uzdrowiska Kopalnia Soli Bochnia Sp. z o.o.

W 2000 roku bocheńska kopalnia rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej została uznana za pomnik historii.